Inżynieria mechaniczna maszyn, urządzeń i procesów przetwórstwa chemicznego, rolniczego, spożywczego,  energetycznego. Głównie w zakresie rozwoju i innowacji rozdrabniania, rozdrabniaczy wielootworowych, wielowalcowych, wielowalcowych, sprawności, efektywności działania napędów: przekładni impulsowych, cięgnowych, wirników elektrowni wiatrowych sprzęgieł jednokierunkowych - zwrotnych, silników spalinowych, dozowników; i przetwórstwa polimerów oraz materiałów biologicznych, monitorowania czynnego, biernego systemów technologicznych i specjalnych.

Badania, podstawy i rozwój konstrukcyjny rozdrabniaczy wielootworowych, wielotarczowych materiałów biologicznych i odpadów polimerowych w kierunku wyższej jakości produktu, efektywności procesu i nieszkodliwości produktu i procesu; Inżynieria mechaniczna podstaw i praktyki podwyższania efektywności energetycznej, ekologicznej i ekonomicznej wirników turbin wiatrowych; Zbudowany i działający inteligentny system autonoicznego mielenia materiałów ziarnistych z założonymi parametrami jakości produktu, efektywności i nieszkodliwości procesu.

44 patenty, wzory użytkowe i 16 zgłoszeń patentowych ponad 260 publikacji, w tym: 14 podręczników i skryptów, np.: 

Flizikowski J.: Rozprawa o innowacji. WU PBS Bydgoszcz 2022

Flizikowski J., Bieliński K.: Technology and energy Sources Monitoring. IGI GLOBAL USA 2013

Flizikowski J.: Micro- and Nano-Energy Grinding. PAN STANFORD PUBLISHING (wydanie 2010r.)